Acer C720に、ubuntu GNOME14.04をインストールしているおっちゃんですが。
『システムの設定』の、プリンターから印刷ジョブが削除出来なかったので、プリンターをオフにして端末から以下のコマンドで印刷ジョブを削除した。
"sudo lprm -Pxxxxxx -"
xxxxxxはお使いのプリンター名、おっちゃんの場合Canon MP490なので、
sudo lprm -PMP490-series -
これで、全ての印刷ジョブを削除できた。